Misterul ce învăluie acest zbor care s-a abătut semnificativ de la rută va fi totuşi greu de elucidat, mai ales că recuperarea cutiilor negre și a resturilor aparatului se anunță foarte dificilă.
Potrivit autorităților malaeziene, datele furnizate de operatorii sateliților Inmarsat și AAIB (Biroul britanic de investigare a accidentelor aeriene) indică faptul că avionul s-a îndreptat către sud, într-o direcție opusă planului său de zbor, și ultima sa poziție a fost în mijlocul Oceanului Indian, la circa 2.500 de kilometri de coastele de sud-vest ale Australiei. De asemenea, posibile resturi ale aparatului au fost observate de sateliți și avioane în respectiva zonă a oceanului.
Conform datelor disponibile până în prezent, transponderul avionului (emitățorul radio) ar fi fost deconectat intenționat de la bordul avionului pentru ca acesta să nu mai poată fi detectat de radar și să fie deturnat către o altă destinație. După deconectarea acestui instrument, avionul ar fi fost direcționat ori pe un culoar către Asia Centrală, ori pe un altul către sudul Oceanului Indian. Însă cei mai mulți experți au privilegiat acest al doilea culoar deasupra oceanului, întrucât chiar și fără transponder avionul ar fi fost detectat de radarele militare ce supraveghează spațiile aeriene naționale.
Însă chiar dacă se va reuși delimitarea perimetrului prăbușirii, recuperarea resturilor avionului va fi extrem de dificilă, fiind o zonă foarte ostilă, departe de uscat și cu ape adânci și agitate. Departamentul american al Apărării a trimis în zonă un sonar capabil să detecteze semnalele cele două cutii negre ale avionului, care înregistrează parametrii de zbor și conversațiile dintre piloți, dar de obicei aceste semnale slăbesc în intensitate și emiterea lor încetează complet după 30 de zile.
Potrivit experților, localizarea și recuperarea resturilor avionului malaezian vor fi mai complicate decât în cazul Airbusului 330 al companiei Air France care s-a prăbușit în iunie 2009 în Oceanul Atlantic în apropierea coastelor Braziliei și pentru a cărui găsire a fost nevoie de doi ani.
