Între 2001 și 2005, cu o scurtă întrerupere, Vasile Cepoi a fost șeful Casei de Asigurări de Sănătate Iași. Între iulie 2003 și februarie 2004 a fost secretar de stat în Ministerul Sănătății, apoi, între 2005 și 2008, președinte al CNAS.
Între 2008 și 2009 a lucrat la Spitalul C.I. Parhon (director pentru dezvoltare și asigurarea calității medicale), apoi, din 2009, a fost numit şef al DSP, scrie reporteris.ro.
În 2012 a părăsit postul, care a rămas rezervat, fiind desemnat secretar de stat în MS. În mai 2012 a devenit ministru al Sănătății, dar a demisionat câteva luni mai târziu.
A fost consilier de stat la Cancelaria prim-ministrului Victor Ponta, fiind eliberat din funcție în iulie 2014, când a devenit președinte al Comisiei Naționale de Acreditare a Spitalelor (devenită Autoritatea Națională de Management a Calității în Sănătate).
În 2020, la 66 de ani, a revenit pe postul rezervat de director DSP Iași. În octombrie 2022, Vasile Cepoi, fost ministru al Sănătății și important birocrat din Sănătate, s-a pensionat de la conducerea Direcției de Sănătate Publică Iași. Teoretic, tot atunci s-a întors la Spitalul C.I. Parhon, acolo unde a avut, din 2001, un post de medic de medicină internă rezervat.
Conform ultimei declarații de avere, depusă în iunie 2022, familia Cepoi deține 1.200 mp de teren intravilan în municipiul Iași, 453 mp de teren intravilan în municipiul Botoșani, 5 ha de teren agricol în Tudora - Botoșani, 1 hectar de pădure la Frumușica – Botoșani, 1.000 mp de intravilan la Molid (Suceava).
Soții Vasile și Fănița Cepoi au casă de 270 mp în Iași, un alt apartament de 82 mp și o casă de 70 mp în Botoșani (din 1969). Declarația de avere mai menționează un VW Tiguan din 2016, conturi de 31.444 de euro și 9.225 de lei.
În ultima declarație de avere, Vasile Cepoi a menționat venituri de 130.861 de lei de la DSP (10.905 lei/lună), 17.258 de lei de la Școala Națională de Sănătate Publică, Management și Perfecționare în Domeniul Sanitar București (cursuri) și 67.200 de lei de la UMF (cursuri). Soția, profesoară la Liceul cu Program Sportiv, a câștigat în același an 52.800 de lei.
După ce s-a pensionat, Vasile Cepoi s-a întors la postul pe care Spitalul C.I. Parhon i l-a păstrat. Dar a fost angajatul spitalului scurtă vreme. De la începutul anului, la 68 de ani, s-a transferat la Institutul Regional de Oncologie, unde este medic de medicină internă.
