Pentru următoarele câteva secole, Poveglia a avut o perioadă liniştită. Oamenii extrăgeau sare, se ocupau cu pescuitul şi cu agricultura. Către anul 1379, populaţia insulei a început să crească, la fel şi importanţa sa.
În acest timp, Veneţia a fost atacată de flota Genoveză, iar oamenii din Poveglia au fost evacuaţi în grabă într-un loc mai sigur.
Prin 1645, guvernul veneţian a construit cinci forturi octogonale pentru a proteja şi controla intrările în lagună. Octogonul Poveglia este unul dintre cele patru care încă mai există pe insulă.
În 1793, atunci când au fost înregistrate mai multe cazuri de ciumă, infectaţii au fost debarcaţi forţat şi închişi temporar pe insulă. Însă atunci când ciuma a luat proporţii pandemice în Europa, Insula Poveglia a devenit terenul de ''depozitare'' al bolnavilor şi celor infectaţi. Se estimează că aproximativ 160.000 de oameni au trăit şi au murit aici. Unele legende spun că aproape jumătate de insulă conţine rămăşiţe umane.
În 1922, clădirile existente pe insulă au fost transformate într-un azil pentru bolnavii mintal, care a funcţionat până în 1968, când spitalul a fost închis.
Timp de aproape jumătate de secol, Poveglia a rămas izolată. Iar în ultimii ani, insula a fost supusă unor diverse proiecte de renovare. În 2014, un om de afaceri italian, Luigi Brugnaro, a închiriat insula pentru 99 de ani, cu intenţia de a o dezvolta pentru utilitatea publică, relatează Descoperă.