La mai puțin de o luna de la numirea Monicăi Macovei la Ministerul justiției, ea a început o luptă cu adversarii politici ai președintelui Traian Băsescu. Ea a încercat cu orice preț să-l trimită în judecată și să-l condamne pe Adrian Năstase la închisoare.
Macovei a promovat o ordonanță de urgenta – cu scopul de a putea să îl trimită în judecată pe Adrian Năstase, fără să mai ceara acordul Parlamentului, asa cum cerea legea în cazul foștilor miniștri. Ministrul Justiției a ignorat cu bună știință faptul că, încă din 1999, Curtea Constituțională declarase ca o astfel de modificare este neconstituțională.În 2007, Curtea Constituționala declară neconstituționala ordonanța prin care Monica Macovei urmarea să îl trimită în judecata pe Adrian Năstase, fără sa mai ceara acordul Parlamentului.
În 2005, Monica Macovei refuza să pună în aplicare noul Cod Penal, bazat pe solicitările și standardele înalte ale UE, adoptat de Parlament în iunie 2004. În iulie 2005, Monica Macovei promovează o noua reforma prin care procurorul-sef al României și procurorul-sef al DNA urmau să fie numiți în funcție de către președintele României, la recomandarea ei, astfel Consiliul Superior al Magistraturii rămânea fără acestă prerogativă.
Caracatița Soroș în România, episodul I. Cum a ajuns Monica Macovei să fure cele mai mari secrete ale magistraților și să scape de un dosar penal -VIDEO
Deciziile luate de Monica Macovei privind codul penal au fost taxate extrem de dur de parlament, aleșii din toate partidele au votat o moțiune simplă împotriva sa. Zeița justiției a vrut să facă numirile la Parchetul Anticorupție pe criterii politice, iar cei anchetați să nu fie audiați în prezența avocaților. În 2006, Monica Macovei a prezentat Parlamentului cererea de modificare a Codului de Procedura Penala, cu privire la interceptări. Aceasta modificare ar fi permis procurorilor să pună sub urmărire telefoanele, internetul si alte mijloace de comunicare ale unei persoane, fără ca procurorii să mai aibă obligația obținerii unui mandat judecătoresc. După un uriaș scandal, Curtea Constituțională decide ca amendamentele și acțiunile Monicăi Macovei sunt neconstituționale.
Monica Macovei a început și controlarea funcționarilor publici și a aleșilor locali. Ea promovează înființarea Agenției Naționale de Integritate, căreia îi permite să investigheze, dar și să condamne pe oricine, fără sa existe vreo autoritate sau alt organism public de control al unor astfel de puteri ale ANI. O astfel de instituție nu exista nicăieri, în nici o țară membra a UE. Doar peste patru ani, și exact ca în cazurile anterioare, Curtea Constituționala declara și aceasta inițiativa Monicăi Macovei ca fiind neconstituțională.
Numirea Monicăi Macovei la conducerea justiției a adus și o sentință favorabilă pentru familia sa. Tatăl său, Vasile Gherghescu a locuit ilegal într-o vilă, după ce Macovei a intervenit pe lângă instanța Supremă. Presa a relatat că ea a reușit să schimbe un complet de judecată la Curtea Supremă, după ce tatăl său pierduse litigiul la curtea de Apel. Mai mult, decizia Curții Supreme unde familia Monicăi Macovei a avut câștig de cauză a fost revizuită după 2 ani de un alt complet de judecată.
