Bugetul Ministerului Agriculturii și Dezvoltării Rurale pe anul 2016 este de aproximativ 13,443 miliarde de lei, la care se adaugă suma de 7,39 miliarde lei reprezentând contribuția externă nerambursabilă a UE la finanțarea Programului Național de Dezvoltare Rurală (PNDR) 2014-2020, evidențiată ca un venit în bugetul Agenției pentru Finanțarea Investițiilor Rurale (AFIR).
Astfel, bugetul total prevăzut pentru anul 2016 este de 20,83 miliarde lei, reprezentând 2,81% din PIB.
Sursele de finanțare provin din bugetul de stat (circa 5,35 miliarde lei), finanțarea Uniunii Europene — 7,84 miliarde lei, din care 449,5 milioane lei pentru finanțarea Programului Operațional pentru Pescuit (POP) și a Programului Operațional de Pescuit și Afaceri Maritime(POPAM) — 7,39 miliarde lei pentru finanțarea Programului Național de Dezvoltare Rurală (PNDR) 2014-2020, evidențiată ca un venit în bugetul AFIR. De asemenea, MADR are în buget un împrumut angajat de minister, de 7,65 miliarde lei, destinat prefinanțării măsurilor de ajutor specific finanțate din Fondul European de Garantare Agricolă (FEGA).
Pentru anul 2016, MADR va acorda ajutoare naționale tranzitorii în sectorul zootehnic de 897,9 milioane lei, din care 259 milioane lei la speciile ovine și caprine și 638,9 milioane lei la specia bovine (122,8 milioane lei pentru sectorul lapte și 516 milioane lei pentru sectorul carne). Pentru subvenționarea accizei la motorina utilizată în sectoarele vegetal și zootehnic, cheltuielile aferente trimestrelor IV din 2015, I, II și III din 2016, MADR are prevăzut un buget de 338,8 milioane lei, iar pentru ajutoare naționale tranzitorii în sectorul vegetal, aferente anului agricol 2015, de 588,2 milioane lei. Pentru subvenționarea ameliorării raselor de animale prin acordarea de ajutoare destinate acoperirii costurilor de întocmire și menținere a registrului genealogic MADR va aloca 25 milioane lei.
Contribuția externă nerambursabilă a UE de sprijinire a sectorului agricol aferentă PNDR 2007-2013, 2014-2020 și POP 2007-2013, respectiv POPAM 2014-2020 va fi de 15,5 miliarde lei (8,09 miliarde lei Fondul European de Pescuit și Fondul European de Garantare Agricolă și 7,39 miliarde lei Fondul European pentru Agricultură și Dezvoltare Rurală).
Tot de la bugetul de stat vor fi finanțate, în 2016, cheltuielile pentru modernizarea infrastructurii de irigații — 135,8 milioane lei, programul de realizare a Sistemului Național Antigrindină și de Creștere a Precipitațiilor — 20 milioane lei, programelor de cercetare sectorială în domeniul agricol și de funcționare a institutelor de cercetare — 95,2 milioane lei, renta viageră aferentă cererilor depuse pentru terenurile concesionate sau vândute până la sfârșitul anului 2009 — 70 milioane lei.
