După ce a intrat în politică, Klaus Johannis nu a fost scutit de scandaluri. Două dintre casele primarului au făcut obiectul unui dosar penal, care s-a plimbat, timp de trei ani, între parchetele din Alba şi Bucureşti, după care a ajuns la DIICOT şi DNA. Johannis a fost acuzat că ar fi retrocedat în mod abuziv unui cetăţean german imobilele, fără ca acesta să aibă calitatea de moştenitor.
Cercetările au început în iunie 2006 la Parchetul de pe lângă Curtea de Apel Alba Iulia, care a dispus începerea urmăririi penale faţă de Johannis, pentru infracţiunea de abuz in serviciu contra intereselor publice. În acelaşi an cauza a fost înaintată DNA invocându-se existenţa unor infracţiuni de corupţie. Procurorii DNA au ajuns însă la concluzia că Johannis poate fi cercetat doar sub aspectul infracţiunii de neglijenţă în serviciu, fiind scos de sub urmărire penale pentru abuz în serviciu pe 24 septembrie. Dosarul a fost întors la Parchetul Curţii de Apel Alba, pentru continuarea cercetărilor.
