Retragerea trupelor românești din Irak a provocat una dintre cele mai mari dispute dintre Traian Băsescu și liberali. Conflictul a început pe 29 iunie 2006, când conducerea PNL l-a mandatat pe ministrul Apărării, Teodor Atanasiu, să ceară în CSAT retragerea trupelor din Irak. Premierul Călin Popescu Tăriceanu declara că această măsură trebuie luată din cauza lipsei suportului popular și pentru că efortul financiar este prea mare pentru România.
PC, UDMR, PRM și PSD s-au aratat de acord cu propunerea de retragere a trupelor înaintată de PNL. Președintele Traian Băsescu a reacționat foarte vehement. Șeful statului a transmis printr-un comunicat de presă că maniera în care premierul și ministrul Apărării și-au exprimat poziția față de retragerea trupelor din Irak este inacceptabilă și că aduce grave prejudicii României pe plan extern. Traian Băsescu anunță convocarea, a doua zi, 30 iunie, a CSAT. Ședința s-a încheiat cu respingerea propunerii liberale.
Între timp, Președintele i-a atacat public pe liberali spunând că din cauza lor România poate fi considerată ca fiind lipsită de credibilitate și consecvență, de către partenerii din NATO. Acesta este, de altfel, momentul în care Președintele spune că regretă că l-a numit pe Tăriceanu premier și lansează ideea grupurilor de interese.
Șeful statului a anunțat că a blocat în ultimul moment o directivă a Ministerului Apărării, care trimisese o telegramă atașaților militari români să informeze guvernele occidentale că România se pregătește de retragerea trupelor. În replică, liberalii încep să strângă semnături pentru retragerea trupelor românești din Irak. În 26 martie 2007, premierul Tăriceanu declară că va face tot ce e legal pentru ca militarii români să fie în țară de Crăciun. În replică, Traian Băsescu declară că trebuie să ne respectăm angajamentele față de aliați.
