Popa a fost condamnat în lipsă, în anul 2000, la 15 ani de închisoare, pentru fraudă, iar în anul 2006, alături de Ioana Maria Vlas, în legătură cu prăbuşirea Fondului Naţional de Investiţii, în urma căreia mai mult de 100.000 de români şi-au pierdut banii investiţi. Popa a fost adus în ţară, din Jakarta, în anul 2011.
Nicolae Popa a fost condamnat în 2007 de Tribunalul București la 15 ani închisoare în dosarul FNI, alături de Ioana Maria Vlas, care a primit 13 ani închisoare.
Fondul Național de Investiții (FNI) a luat ființă la 17 august 1995, cu administrare SOV Invest. Prăbușirea Fondului Național de Investiții în mai 2000 a afectat aproape 300.000 de investitori.
Nicolae Popa s-a sustras executării pedepsei, fugind din țară încă din anul 2000, și a fost dat în urmărire prin Interpol în 2002, în baza mandatului internațional de arestare emis de instanța din România.
În decembrie 2009, el a fost arestat în Indonezia și adus în țară, unde a fost încarcerat.
Pe 17 februarie 2014, Judecătoria Giurgiu a decis reducerea pedepsei aplicate lui Nicolae Popa de la 15 ani închisoare la 6 ani și 8 luni, ca urmare a intrării în vigoare a noilor coduri și aplicării legii penale mai favorabile.
Magistrații au admis contestația la executare formulată din oficiu ca urmare a sesizării Comisiei de evaluare a incidenței aplicării legii penale mai favorabile, au descontopit pedeapsa rezultantă de 15 ani închisoare aplicată lui Nicolae Popa în dosarul FNI și au redus condamnarea la cinci ani închisoare, la care au adăugat un spor de 1 an și 8 luni, rezultând astfel o pedeapsă finală de 6 ani și 8 luni închisoare
