Un lucru puțin cunoscut despre părintele Arsenie Boca este acela că trupul duhovnicului a fost scos de trei ori din mormânt. A treia oară a ieșit un izvor de apă din mormântul părintelui care n-a putut fi oprit.
Părintele Arsenie Boca, unul din cei mai mari duhovnici ai României, a murit pe 28 noiembrie 1989 și a fost înmormântat, cinci zile mai târziu, la Prislop, în locul ales chiar de el, în prezența a 2000 de oameni.
Despre moartea sa încă sunt multe taine și lucruri neelucidate. Mulți sunt convinși că părintele a fost schingiuit de Securitate, că avea unghiile de la mâini smulse și că înainte de a muri și-ar fi avertizat călăii: "Spuneți-i lui Ceaușescu că nu mai apucă Crăciunul".
Alții, dimpotrivă, spun că acesta a murit de moarte bună, la Mânăstirea Sinaia, că slăbise din cauza muncii epuizante și a numeroaselor boli.
Cert este faptul că părintele Arsenie Boca a fost urmărit și supravegheat de Securitate până la sfârșitul vieții. Marele duhvnic intrase în vizorul autorităților înainte de instaurarea regimului comunist, iar Securitatea îl urmărea fiindcă îl suspecta că are legătură cu Mișcarea Legionară.
A trecut la Domnul pe 28 noiembrie 1989, la Sinaia, unde avea un mic atelier, într-o casă unde câteva maici de la Prislop amenajaseră un așezământ monahal.
Părintele Petru Vamvulescu, unul dintre ucenicii de taină ai Părintelui Arsenie, vorbește în cartea sa "Viața lui Arsenie Boca, fapte inedite" despre moartea marelui duhvonic. Ucenicul părintelui spune că acesta ar fi fost răstignit în pădurea de brazi de la Sinaia.
"El nu a murit numai din cauză că a fost iradiat, în toamna anului 1989. Vreau să fac o noua descoperire de care am fost înștiințat: văzând că Părintele Arsenie s-a ridicat din moarte (n. r. adică și-a revenit după iradiere, cel puțin parțial, conform spuselor preotului Vamvulescu), i-au dat ultima lovitură fatală. A fost dus în pădurea de brazi de la Sinaia și răstignit. I-au înfricoșat și pe cei ce au aflat, ca să nu spună adevărul, și s-a lățit minciuna aceasta, că Părintele Arsenie a murit nu mucenicește, ci de boală", se arată în mărturia citată de adevarul.ro.
Trebuie să nu ascundem un alt lucru cutremurător: Părintele Arsenie a fost scos de trei ori din mormânt. "Prima dată, la trei zile de la îngropare, fiindu-le frică la securiști să nu învieze, cum îi era frică lui Irod. A doua oară l-au scos după un an, fără explicații, iar a treia oară acum vreo șase ani. Atunci a ieșit un izvor de apă din mormântul Părintelui Arsenie, care n-a putut fi oprit. Capacul de sicriu a fost găsit dat într-o parte, iar oasele pline cu apă și noroi. Au fost spălate și așezate într-un sicriu nou, din stejar. Am sărutat sfintele oase și mai ales capul, care era înmiresmat", mai scrie ucenicul său.
Într-un interviu acordat revistei Formula As, Zoe Daian, nepoata Părintelui Arsenie Boca a relatat ultima minune a celui considerat Sfântul Ardealului:
"Când am fost din nou la el, să îl văd, Părintele mi-a mărturisit că-și simte sfârșitul aproape. Și s-a dus atunci la mânăstirea Prislop, din Hațeg, atât de dragă inimii lui, și și-a ales un loc, zicând: "Aici vreau eu să-mi fie mormântul". Locul ales de Părintele e extraordinar, parcă-i rupt dintr-un psalm. Dar măicuțele i-au spus: "Părinte, e tare frumos locul, dar nu are apă și nu-i nicăieri prin preajmă vreun izvor!". Și el le-a spus: "O să vina și izvorul!". La scurt timp, a apărut în pădure, la doi-trei metri de capul mormântului, un izvor! Și nu mult după ce a răsărit de niciunde izvorul acela - s-a sfârșit și el, Părintele nostru Arsenie".