Calista are origini grecești, englezești, irlandeze și italiene. Mama ei și-a inversat propriul nume și i l-a atribuit fiicei sale, numind-o Calista Kay (numele Calista vine din cuvântul grec ''kallista'' și înseamnă ''cea mai frumoasă''). Din cauza slujbei tatălui, familia se mută dintr-un stat în altul, Calista locuind în locații diverse precum Illinois, Iowa, Minnesota, New York și New Jersey, scrie Agerpres.ro.
Calista Flockhart a urmat cursurile liceului ''Shawnee'' din Medford Township, New Jersey. După ce a absolvit în 1983, Calista a urmat cursurile Școlii de artă ''Mason Gross''. În al doilea an de facultate, Flockhart a întâlnit-o pe actrița Jane Krakowski, prietena cea mai bună a colegei ei de cameră. Cu aceasta avea să lucreze pentru serialul ''Ally McBeal''.
''Imi place totul la Ally... eu nu o văd ca pe o plângăcioasă, o femeie care se vaită mereu. Într-o săptămână e puternică, în alta e foarte slabă. Îmi place asta. E umană'', spunea Calista.
Capacitatea Calistei în domeniul actoriei a fost recunoscută, atunci când William Esper (regizorul teatrului ''Mason Gross'' și profesorul de actorie al Calistei) a făcut o excepție de la regulă, lăsând-o pe aceasta să joace pe scenă. Deși acesta este un privilegiu pentru studenții din anii terminali, Flockart a jucat în producția lui William Inge, ''Picnic''. Calista și-a luat licența în teatru, în 1988, fiind una din puținii studenți care au absolvit magna cum laude. Aceasta a apărut pe panoul dedicat studenților excepționali al facultății, în mai 2003. După absolvire, Calista s-a mutat în New York, unde a rămas până în 1997.
