De-a lungul timpului Serviciul Român de Informaţii a fost implicat într-o serie de conflicte. Printre acestea sunt de menţionat cele privind ascultarea telefoanelor unor jurnalişti şi oameni politici, dar şi disputele serviciului cu CNSAS pe tema predării dosarelor aflate la SRI.

La începutul anilor '90, în perioada guvernului Văcăroiu, ofiţerii SRI au fost acuzaţi că au înregistrat convorbirile unor ziarişti. Serviciul Român de Informaţii şi-a recunoscut vina, în rapoartele prezentate în Parlament. Însuşi fostul şef SRI, Radu Timofte a admis anul trecut că serviciul a ascultat ani la rând telefoanele omului de afaceri Dinu Patriciu, fără mandat de la judecător. Drept urmare, omul de afaceri a dat în judecată serviciul.

Şi fuga din România a sirianului Omar Hayssam a afectat SRI. Anul trecut, Traian Băsescu a acuzat toate serviciile române de informaţii că în această problemă nu au apărat interesele statului. Nemulţumirea preşedintelui a declanşat atunci demisii în lanţ.

Cel mai recent scandal în care a fost implicat Serviciul de Informaţii a fost declanşat în primăvară, când preşedintele PSD Mircea Geoană a prezentat un document în care erau menţionate date despre trecutul unor judecători de la Curtea Constituţională. PSD i-a suspectat pe aceştia că ar fi fost şantajaţi pentru a da un aviz favorabil preşedintelui Traian Băsescu. Atunci Mircea Geoană a afirmat că SRI a acţionat la comanda şefului statului, demers apreciat ca un act de poliţie politică. Acuzaţiile au fost însă respinse atât de Traian Băsescu cât şi de către directorul SRI George Maior.