Alegerile parlamentare din 2004 nu au fost lipsite de atacuri politice şi acuzaţii. După o campanie electorală liniştită, Traian Băsescu a dat tonul unui scandal de proporţii. Candidat al Alianţei PNL-PD la preşedinţie pe atunci, Traian Băsescu a solicitat anularea scrutinului, invocând fraude electorale. În opinia sa, sute de mii de voturi nule au fost transferate electronic în contul lui Adrian Năstase şi al Uniunii PSD+PUR.

Traian Băsescu a reclamat transferarea a aproximativ 400.000 de voturi, ilegal, la Uniunea PSD-PUR. Candidatul alianţei la alegerile prezidenţiale a acuzat, totodată, şi că au existat patruzeci de autobuze utilizate în scop de "turism electoral", cu persoane care au votat în trei, patru locuri. Uniunea PSD-PUR a respins acuzaţiile şi a arătat că aceasta este, de fapt, reacţia rivalilor politici care se tem că pierd alegerile. PNŢCD s-a alăturat lui Băsescu şi a cerut şi el anularea scrutinului. Mai târziu, şi PRM urma să depună la Curtea Constituţională respectiv la Biroul Electoral Central o contestaţie prin care solicita anularea alegerilor prezidenţiale şi a celor parlamentare.

UDMR declara că alegerile au fost corecte. Biroul Electoral Central a ripostat la acuzaţiile de fraudă şi a cerut Alianţei PNL-PD să demonstreze că programul de calculator folosit pentru stabilirea rezultatelor alegerilor este fals şi furnizează date eronate. Preşedintele Institutul Naţional de Statiscă, Clementina Ivan Ungureanu, a recunoscut că, la completarea proceselor verbale s-a produs o eroare. Preşedinţii secţiilor de votare trecuseră aceeaşi cifră şi la numărul alegătorilor înscrişi pe liste, şi la cei care s-au prezentat efectiv la vot. Deşi a apărut o creştere artificială a prezenţei la vot, statisticienii exclud posibilitatea ca această eroare să fi influenţat procentele obţinute de candidaţi.

Alianţa D.A. a formulat o plângere penală la Parchetul de pe lângă Inalta Curte de Casaţie şi Justiţie împotriva judecătorului Emil Gherguţ - preşedinte al Biroului Electoral Central - şi a celorlalţi membri ai BEC. Câteva luni mai târziu, Parchetul General a constatat ca nu există motive pentru a declanşa cercetarea penală împotriva BEC.