Nici nu începuse bine 2006 că Guvernul era deja implicat într-un scandal de proporţii legat de preţul gazelor naturale importate din Rusia. În prima săptămână din ianuarie, gazele s-au scumpit cu 17 procente, din cauza acestor importuri. Disputa a pornit de la un comunicat mai vechi al ministerului, care anunţa că ministrul a reuşit să negocieze un preţ mai mic pentru importul de gaze naturale ruseşti, după o întâlnire cu oficialii Gazprom. La începutul anului, când s-au scumpit gazele, s-a aflat că tariful plătit de România era, de fapt, unul dintre cele mai mari din Uniunea Europeană.

Pe 23 noiembrie 2005, un comunicat de presă al Ministerului Economiei şi Comerţului sublinia că: "Ministrul Ioan Codruţ Şereş a obţinut un preţ mediu mai mic cu circa 20 USD/1000 metri cubi faţă de preţul prognozat pentru gazele naturale ce vor fi importate anul viitor de la Gazprom. Discuţiile purtate la Moscova de ministrul Ioan Codruţ Şereş cu vicepreşedintele Gazprom, Alexander Medvedev, s-au încheiat cu un rezultat favorabil. Ministrul Şereş a obţinut un preţ mai mic, de 280 USD, pentru gazele naturale importate din Rusia în primul trimestru al anului 2006 şi un preţ mediu de import de 280-285 USD/1000m3 pentru restul anului. Precizăm că preţul mediu prognozat pentru gazele de import din Rusia pentru anul 2006 era de circa 300 USD/1000 m3."

Pe 3 ianuarie, prestigiosul post BBC anunţa însă că, dintre toate ţările europene aprovizionate cu gaz de Moscova, România plătea cel mai mare preţ: 285 de dolari pe mia de metri cubi. Şi aceasta în timp ce ţările Uniunii Europene cumpărau gaze ruseşti cu 240 de dolari mia de metri cubi.

Războiul gazelor a continuat să ţină prima pagină a ziarelor, iar ministrul Economiei s-a văzut nevoit să ceară lămuriri Rusiei în legătură cu modul în care a fost stabilit preţul de import.

Scandalul gazelor a continuat cu neînţelegerile dintre producători şi distribuitori. Autorităţile au fost nevoite să permită scumpirea gazele naturale în luna octombrie, deşi următoarea majorare de preţ era planificată pentru 1 ianuarie 2007. Totul pentru a nu genera o criză în prag de iarnă.