Cu două zile înainte de a împlini 29 de ani, Lobonţ primeşte un cadou important din partea lui Dinamo: un contract pe patru ani şi jumătate şi un salariu record pentru clubul din Ştefan cel Mare: 320.000 de euro pe sezon.

Lobonţ a jucat ultima oară în România tot la Dinamo, în 2002, când a cucerit titlul de campion al României.

Din 1997, când Mircea Lucescu l-a adus la Rapid de la Corvinul Hunedoara, Bogdan Lobonţ a profitat din plin de şansa oferită. Doar un an i-a fost suficient pentru a ajunge în naţionala României, după ce în 1998 a jucat la Campionatul European de tineret.

Campion naţional şi câştigător al Cupei României cu Rapid, Lobonţ a fost transferat la marele Ajax imediat după EURO 2000. După numai un an şi jumătate se întorcea în România, împrumutat, pentru a o ajuta pe Dinamo să câştige titlul.

Revenit la Amsterdam în vara lui 2002, Lobonţ a câştigat titlul şi Supercupa Olandei şi s-a oprit în sferturile Ligii Campionilor.

În ianuarie 2006, l-a cumpărat Fiorentina, fiind considerat înlocuitorul ideal pentru accidentatul Sebastien Frey.

Rămas pe banca de rezerve după revenirea francezului, Lobonţ a pierdut şi locul de titular în naţională. Pentru a-l recâştiga a decis să revină în Liga 1, la liderul Dinamo, pentru patru sezoane şi jumătate şi un salariu impresionant: 320.000 de euro anual.