Activitatea ca ministru al Economiei l-a adus pe Codruţ Şereş în biroul procurorilor. Şereş este acuzat că, deşi ştia că Hidroelectrica are pierderi de peste patru mii de miliarde de lei vechi din cauza unor contracte ilegale, a menţinut în funcţii cinci din directorii acestei societăţi.

Rezoluţia de începere a urmăririi penale împotriva fostului ministru al Economiei se bazează pe trei rapoarte pe care fostul ministru le-ar fi ignorat. Procurorii susţin că, din 2002, toţi directorii Hidroelectrica au încercat să vândă energie ieftină câtorva societăţi private. Ei spun că a fost pus în pericol întregul sistem energetic naţional, pentru că aceste contracte au fost menţinute şi în timpul secetei din 2003.

Atunci, directorii Hidroelectrica nu au activat clauza de forţă majoră decât pentru populaţie, care a plătit 3 milioane de euro mai mult pentru energia din hidrocentrale. Mai mult, Hidroelectrica a importat energie la preţuri de trei ori mai mari şi a apelat până peste limita de urgenţă la rezervele hidrologice naţionale.

Conform rezoluţiei, firma Energy Holding a primit cea mai mare cantitate de energie ieftină, iar contractul i-a fost prelungit până în 2014, cu o cantitate majorată de energie.