Cele două tururi preliminare vor avea loc la 17 şi 31 iulie, fiind urmate de primul tur al competiţiei şi grupele Cupei UEFA. În competiţie vor intra 74 de echipe, printre care şi cele calificate în urma clasamentului Fair Play: Manchester City, Hertha Berlin şi FC Nordsjaelland. România va fi reprezentată de patru echipe: Rapid, Dinamo, Unirea şi Poli Timişoara.

Programul pentru sezonul 2008/2009 al Cupei UEFA:

- primul tur preliminar, prima manşă: 17 iulie 2008

- primul tur preliminar, manşa secundă: 31 iulie 2008

- al doilea tur preliminar, prima manşă: 14 august 2008

- al doilea tur preliminar, manşa secundă: 28 august 2008

- primul tur, prima manşă: 18 septembrie 2008

- primul tur, manşa secundă: 2 octombrie 2008

- grupe, etapa 1: 23 octombrie 2008

- grupe, etapa 2: 6 noiembrie 2008

- grupe, etapa 3: 27 noiembrie 2008

- grupe, etapa 4: 3/4 decembrie 2008

- grupe, etapa 5: 17/18 decembrie 2008

- 16-imi, prima manşă: 18/19 februarie 2009

- 16-imi, manşa secundă: 26 februarie 2009

- optimi, prima manşă: 12 martie 2009

- optimi, manşa secundă: 18/19 martie 2009

- sferturi, prima manşă: 9 aprilie 2009

- sferturi, manşa secundă 16 aprilie 2009

- semifinale, prima manşă: 30 aprilie 2009

- semifinale, manşa secundă: 7 iulie 2009

- finala: 20 mai 2009