De-a lungul timpului, mai mulţi miniştri, inclusiv actualul preşedinte al României, Traian Băsescu, au trecut pragul comisiei prezidenţiale pentru aplicarea legii răspunderii ministeriale, fiind audiaţi în diferite dosare penale aflate în cercetarea procurorilor.

Comisia a fost înfiinţată în vremea guvernului CDR. La acea vreme, comisia nu se ocupa numai de miniştrii în funcţie, aşa cum este în prezent, ci şi de foşti miniştri. Prevederea a fost eliminată anul trecut din textul Legii răspunderii ministeriale de ministrul justiţiei, Monica Macovei. Ministrul liberal al Apărării Naţionale este primul demnitar, după 2004, anchetat de Comisia de la Cotroceni.

Pe vremea când era ministrul Transporturilor, Traian Băsescu a trecut şi el prin faţa comisiei prezidenţiale, pe vremea cînd preşedinte era Ion Iliescu. Tot în mandatul lui Iliescu au mai fost audiaţi foştii miniştri ţărănişti Ioan Mureşan şi Nicolae Noica, foştii miniştri ai transporturilor Traian Băsescu, Aurel Novac şi Paul Teodoru.

Mureşan şi cei trei miniştri ai transporturilor, cercetaţi în dosarul Flota, au fost trimşi în cercetare penală. Comisia prezidenţiale pentru aplicarea legii răspunderii ministeriale a fost sesizată şi în cazul unor miniştri PSD aflaţi în funcţie, precum Ilie Sârbu şi Şerban Mihăilescu. În cazul lor comisia şi preşedintele Iliescu nu şi-au dat acordul de începere a urmăririi penale.